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ここ10年、ウランバートルの大きな問題の一つが大気汚染である。これにより呼吸器系疾患が増え、特に子供・高齢者・後遺症のある患者が最も強く影響を受けている。外国の調査によると大気汚染は病気の原因となり、子供の成長や体の形に悪影響を及ぼし、抵抗力を低下させることが明らかになっている。世界中の大気汚染による医療費の合計は年間10億米㌦に達し、先進国の国内総生産率における2％、途上国の国内総生産率における5～20％を占めているとの調査もある。モンゴル国では年間平均9万7000人が呼吸器系疾患にかかり、その医療費として48億トゥグルグを拠出している。ウランバートル市の患者数は3万6400人で、24億トゥグルグを拠出している。2005年にはウランバートルの3万7000人が呼吸器系疾患にかかり、30億トゥグルグを拠出していた。大気汚染の緩和対策を取らないと、この数字は2015年には4万2000人、50億トゥグルグに達するという。予防費として年平均11億トゥグルグを出費し、10年間で約100億トゥグルグをかけたため呼吸器系疾患は20～25％減少、125億トゥグルグを節約することができた。保健省の統計では、モンゴルでは呼吸器系疾患が最も多く、年々増加し続け、全疾患の23.4～26％占めるに至っている。大気中のほこり、硫黄酸化物、窒素酸化物、二酸化炭素は子供の呼吸系疾患、中でも気管支炎・肺炎の原因になっている。また、ウランバートルの子供の心臓検査では心臓の異常が発見され、これには両親の教育・世帯収入・感染症以外に大気汚染も影響していることが明らかになった。世界保健機関（WHO）による2005年の調査では、鉛汚染が土壌の基準値より2.1倍、大気に1.4倍、土壌サンプルの90％に90mg/kg以上の鉛が含まれているほか、子供の血液中の鉛が基準値より多く含まれていた。その他、先天性障害は乳児の主な死亡原因の一つである。モンゴルでは乳児の死亡における先天性障害率が年々増えている。1997年、乳児の死亡原因中、先天性障害は2.3％を占めるに過ぎなかったが、2002年には7.1％、2007年には12.4％に増えた。1990～2004年、ウランバートルで341人の先天性障害児が生まれ、新生児1000人当たり1.48人が先天性障害児であった。2005～2008年には8万8000人の子供が誕生し、そのうち336人が先天障害児であった。先天性障害児の中では血管心臓・消化器・神経系の障害が多かった。今後は、先天性障害を詳細に調査し、その原因を特定する研究室の機能を強化、これを予防する対策を講じる必要がある。ウランバートルの大気には、鉛・ベンゾペレン・ダイオキシンなど健康を害する有害物質が含まれている。人間は生涯の90％を内部環境である事務所・家庭で過ごしており、研究者は外部環境の大気汚染を重視している。モンゴルでは外部環境である大気汚染、健康を害する影響について研究し、ゲル集落のゲル内の大気汚染を削減する必要がある。